Лялькин, добрый день!
т.к. вы вступили в отношения с контрагентом из государства - члена ЕАЭС, то для решения вопроса по налогообложению НДС вам необходимо читать Приложение № 18 к Договору о ЕАЭС
согласно п. 28 данного Приложения НДС платит та сторона, территория которой признается местом реализации работ, услуг
в общем случае, согласно п.п. 5 п. 29 Приложения № 18 местом реализации признается та страна, налогоплательщиком которой выполняются услуги, работы.
Цитата: за перевозку пассажиров и багажа по территории России.
даже не смотря на то, что Казахский перевозчик ездит только по территории РФ, Россия в данном случае не будет признаваться местом реализации данной услуги и, соответственно, платить НДС на территории РФ не нужно.
в письме Минфина России от 16.09.2022 № 03-07-13/1/89981 рассматривалась похожая ситуация, когда российская сторона осуществляла услуги воздушной перевозки по территории Казахстана, местом реализации была признана Россия.